Kiedy ostra faza minie, wiele osób zakłada, że wszystko jest w porządku. W rzeczywistości pasożyt może pozostawać ukryty w organizmie latami, a nawet dekadami. W tym długim, cichym okresie nadal powoli, ale systematycznie wyrządza szkody. Najczęściej atakowane są serce i układ pokarmowy. Osoba chora czuje się normalnie, pracuje, zakłada rodzinę i żyje bez żadnych oznak choroby. Zakażenie staje się częścią tła, niewidoczne i niewykrywalne.
Następnie, często wiele lat później, konsekwencje ujawniają się bez ostrzeżenia. U osób, które kiedyś czuły się całkowicie zdrowe, mogą nagle wystąpić zaburzenia rytmu serca, omdlenia lub objawy niewydolności serca. Inni doświadczają poważnych problemów trawiennych, ponieważ przełyk lub jelito grube powiększają się i tracą zdolność do prawidłowego przemieszczania pokarmu. Powikłania te mogą odmienić życie, a czasem nawet doprowadzić do zgonu. Zanim objawy dotrą do tego etapu, uszkodzenia są często zaawansowane i trudne do odwrócenia.
Jednym z najbardziej niepokojących aspektów choroby Chagasa jest to, jak łatwo ukrywa się ona na widoku. Ponieważ wczesny przebieg zakażenia jest często łagodny lub całkowicie bezobjawowy, wiele osób nigdy nie zdaje sobie sprawy, że doszło do zakażenia. Dotyczy to szczególnie osób mieszkających lub podróżujących do obszarów, gdzie pluskwy są powszechne, zwłaszcza w dużej części Ameryki Łacińskiej i południowych Stanów Zjednoczonych. Rustykalne domy, pęknięcia w ścianach, strzechy i warunki do spania na świeżym powietrzu zwiększają ryzyko. Jednak nawet nowoczesne domy nie są całkowicie odporne.
